截至目前，菏泽牡丹机场已开通青岛=菏泽=西安、上海=菏泽、厦门=菏泽=沈阳、海口=菏泽=烟台、广州=菏泽、北京=菏泽=福州等6条航线，通达全国10个主要城市。6月1日将开通成都=菏泽=大连，航线数达到7条、通达城市达到12个。
